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故事的背景舞台設定是2030年代的虛構日本城市新濱市，經過第三次和第四次世界大戰洗禮的近未來科技已可將人類除大腦外的所有身體器官用生化電子的義體代替，並將人類大腦改裝成與具有網際網路功能的電子腦。上層社會和有經濟條件的中產階級人類紛紛進行義體手術，加裝先進的電子腦，並用性能更高的人造假肢替換原有的身體器官——賽博格（生化人）已然漸漸成為社會常態。 人類社會的全面義體化（電子化）雖然帶來了巨大的便利，卻也不可避免地催生出了一種新的犯罪方式——電子犯罪。電子化並網際網路化的人類開始受到黑客攻擊，暴...

真新鎮的小智以成為寶可夢大師為目標，但他啟程的第一天卻睡過了頭，使他沒能拿到三個初學者寶可夢（妙蛙種子、傑尼龜、小火龍）中的任何一個，而是得到一隻不願意進入寶貝球的皮卡丘。儘管小智很希望與皮卡丘成為朋友，但皮卡丘不領情，不斷以電擊攻擊小智，他的某次攻擊意外命中了烈雀，憤怒的烈雀群起追擊小智與皮卡丘，小智希望皮卡丘進入球中以免受傷害，而受傷的皮卡丘看到小智保護自己的背影，決定成為小智的夥伴。就在此時，傳說的寶可夢鳳王飛過現出彩虹的天空，留下一根彩虹羽毛給小智。...

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小智一行人在旅行途中突然遇到「夢幻神奇寶貝」-波爾凱尼恩從天而降，其落下的衝撃讓小智與波爾凱尼恩被奇妙的裝置聯繫在一起，被波爾凱尼恩給牽著走的小智等人來到了有巨大齒輪的都市阿佐特王國… 擁有不停轉動的巨大齒輪的超級機關城市——阿佐特王國的大臣賈維斯，得到了他長年所追尋的終極發明。那就是500年前誕生於阿佐特王國的人造神奇寶貝——瑪機雅娜，以及據說寄存在瑪機雅娜體內，被稱為「魂心」的未知力量。 究竟被綁在一起的小智和波爾凱尼恩，能不能合力救出瑪機雅娜呢？然而，隱藏於「魂心」中的真正力量又是什麼...

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傳說中創造世界的神奇寶貝阿爾宙斯，在某次災難中拯救了世界不被滅亡，但卻身受重傷，是達摩斯救了他。 之後，為了使米季納的土地復甦，阿爾宙斯將其生命寶玉借給達摩斯，並約定在下一個日蝕之日歸還，但達摩斯卻背叛了誓言。 阿爾宙斯長眠前，許下「當我下一次醒來後將對人類進行制裁」的誓言。 在阿爾宙斯甦醒之後，以壓倒性的力量將三神徹底打敗，而帝牙盧卡也在倒下前夕將小智一行人送到過去，去了解達摩斯為什麼會背叛阿爾宙斯的真正緣由。...

很久以前，在歐魯德朗城曾經爆發一場很嚴重的戰爭，勇者亞朗於是決定藉助世界初始之樹及夢幻的力量來平息戰爭，為了不讓自己的神奇寶貝-路卡利歐跟自己一起犧牲，亞朗於是並將牠封印在權杖內，就這樣過了好幾百年......。小智一行人來到了歐魯德朗城，在這裡正舉辦歌誦勇者亞朗的慶典，他們換上了當地的服裝，小智還在慶典舉辦的比賽中拿到優勝，榮獲勇者亞朗的名號。在當晚，正當大家正沉醉在快樂的舞會時，夢幻卻出現了，並帶走了皮卡丘和喵喵。另一方面，就在舞會要結束時，亞朗權杖上的封印竟解除了，從裡面出現了路卡利歐，路...

位於卡洛斯地區有一座和諧寧靜的地下王國——鑽石王國。調皮可愛的精靈公主蒂安希（松本真理香配音）備受寵愛，然而她似乎並未擁有讓維持著王國運行的神聖鑽石繼續產生能量的能力，為此她在長老的指點下啟程前去尋找傳說中的精靈哲爾尼亞斯（三田佳子配音）。因為擁有製造鑽石的能力，蒂安希在路上遭到了女賊瑪麗蓮（足立梨花配音）、忍者盜賊萊歐特（山寺宏一配音）以及火箭隊三人組的刁難，關鍵時刻多虧小智（松本梨香配音）出手相助才讓她化險為夷。在此之後，公主和小智他們一路同行，幾經輾轉終於來到了哲爾尼亞斯所在的森林。但是，...

一百年前，沙漠城市「荒漠市」因寶可夢們的對戰而蒙受極大損害，這場對戰的開端，則源自某隻寶可夢的存在。然而這隻寶可夢遭到某個人封印，如今荒漠市已恢復以往的寧靜。 小智與皮卡丘等人在旅行途中，遇見擁有「能從光環拿出所有物品」能力的幻之寶可夢—胡帕，以及照顧牠的少女「梅雅利」。愛搗蛋的胡帕，以從那個神奇光環中拿出牠最愛的甜甜圈，還有各種物品來嚇人為樂。喜歡搗蛋又天真無邪的胡帕，還稱呼小智和皮卡丘為「小知/サト」跟「皮卡/比卡」，徹底成為好朋友的胡帕和小智等人，決定一起去旅行。 抵達荒漠市時的小智一...

小智、小霞和小剛接受神祕訓練家之邀，碰上一心對戰的人造寶可夢：超夢。本片採用三維電腦圖形技術，翻拍火紅的寶可夢系列電影的第一部作品，重述超夢令人難忘的出身。...

小智一行人抵達了小光預備參加寶可夢華麗大賽的白楊鎮，在那裡他們認識了駕駛熱氣球的女子艾莉絲、其青梅竹馬東尼歐，以及艾伯特男爵。由於艾伯特男爵認定隱居於城鎮庭園中的黑暗寶可夢-達克萊伊是近日來破壞城鎮的元兇，並準備討伐牠。 然而東尼歐的想法卻不同，他偵測到在白楊鎮的上方有一股異常的衝擊波，而那正是傳說中分別掌控時間的帝牙盧卡與空間的帕路奇犽這兩大傳說中的寶可夢在次元夾縫中大戰所造成；而達克萊伊的攻擊正是為了讓牠們遠離這座城鎮。隨著兩大傳說中的寶可夢的爭鬥越來越激烈，終於在白楊鎮的名景「時空之塔」...

故事延續靈魂人物剎那·F·塞耶上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter）。它企圖強行佔領地球…，更可怕的是，毀滅人類，更是它欲同步進行的殘忍行動。 眼看情況危及，剎那立刻偕同天上人成員，和地球聯邦軍組成保衛地球的...

水都奧多馬雷，相傳在這裡有兩隻傳說神奇寶貝——拉帝歐斯與拉帝亞斯，秘密地看守著守護這座城市的寶石：心之水滴。小智一行人正好造訪這裡，參加完水上競速賽後，並從當地居民口中得知這項傳說。這時，聞名世界的怪盜姊妹出現了，她們為了奪取心之水滴，利用探測器，找出了變成人型的拉帝亞斯，想藉此查出心之水滴的下落，正好被小智撞見。怪盜姊妹想利用心之水滴的力量掌控整個水都奧多馬雷，小智該如何制止她們的計畫？...

在這個世界上有一個神秘的鏡子反射般的世界。在那裡沒有所謂的美麗，是騎拉帝納棲息之處。可是因為帝牙盧卡與帕路奇犽的戰鬥，時空開始扭曲，反轉世界被稱為黑色瘴毒的雲層給覆蓋。看到自己的棲身之所被玷汙而震怒的騎拉帝納，找到了罪魁禍首帝牙盧卡，並打算將其帶入反轉世界。另一方面，在小智等人跟前出現了樣子迷你可愛的神奇寶貝，那是被稱為感謝神奇寶貝的潔咪。為了幫助潔咪前往葛拉西蒂亞花花田，以進行被稱為「花之傳遞」的集體遷移，小智一行人和潔咪展開了短暫的冒險旅程。...

王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的「神奇寶貝足籃世界盃」，小智一行人向王冠市前進。在旅途中，小智們與正在尋找媽媽的神奇寶貝「索羅亞」相遇，並一起結伴同行。 就在此時，名為「索羅亞克」的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比，也再次面臨了危險。 王冠市到底面臨著什麼樣的危機？幻影的霸者「索羅亞克」的身分究竟是？雪拉比的命運又會如何？小智和皮卡丘是否能夠解救城裡遭遇危險的神奇寶貝們？...

四年前，一顆隕石墜落至極地，從中誕生出DNA神奇寶貝-代歐奇希斯，居住在臭氧層的天空神奇寶貝—烈空坐，因而認為代歐奇希斯侵略牠的領域，雙方展開了一場激烈的殊死戰。戰況到了最後，烈空坐原本陷入一面倒的慘況，讓代歐奇希斯鬆懈了下來，沒想到代歐奇希斯卻一時大意，被烈空坐最後的破壞死光消滅，其核心沉到了海裡，倫多博士正好帶著他的助手優子及兒子小超來此地考察，目睹了這一切，並帶走了另一個還留在隕石內沒有復活的代歐奇希斯的核心，但是小超從此變得很害怕神奇寶貝。四年後，小智等人為了挑戰對戰塔，造訪了小超居住的...

收集到關都八個道館徽章的小智與他的同伴，某日，和海盜風格的訓練家(台譯：美國男)戰鬥完後，忽然收到快龍送來的信，內容說是要邀請他們和「全世界最強的訓練家」會面，地點是新島的神奇寶貝城，他們就毫不遲疑的前往。然而這其實是被人類以複製方式所創造出的神奇寶貝—超夢為了報復，所設下的陷阱。而這時，在亞馬遜叢林的深處，夢幻也感受到超夢的存在而甦醒，一場「本尊」和「分身」間的戰爭即將展開.....。...

幕府末年曾有一群以彰義隊為名而起義維新的志士想趁著薩摩、長州兩組勢力商議結合之際加以破壞，改變日本政治的走向。誰知彰義隊當年在「時雨瀧魅」的判斷錯誤下，造成眾多兄弟與好友高槻嚴達喪生，時雨心中一直無法忘卻這種罪惡感，又眼見明治政府的腐敗，決心再度起義，殊不知此舉完全中了某些陰謀人士的圈套。過去人稱人斬拔刀齋的「緋村劍心」便出面加以阻止，在比劃過劍法之後，時雨得知當年殺了好友嚴達的就是劍心，更加無法容忍，卻不知這種起義行為不但不能讓百姓安定，反而帶來更多的殺戮與流血事件。...

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