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宇宙世紀0096年，在經歷過圍繞『拉普拉斯之盒』的戰爭——拉普拉斯之亂後數個月，對於在先前戰役中讓MS發出超乎想像的能力、對戰鬥局勢起到關鍵作用的精神感應框架感到威脅的地球連邦政府，派遣特殊部隊「馭魔天使隊」(Mansemat マスティマ)到在第二次新吉翁抗爭中變成廢墟的小行星「阿克西斯」進行調查。 吉翁出身的雅萊特·艾露美琪與丹頓·海勒格作為平民與馭魔天使隊一同前往，卻在阿克西斯內遭到自稱骷髏尖兵（CrossBone Vanguard）其中一支武裝團體「巴南」(Birnam バーナム)的襲擊…...

曾經拯救了世界的9名人造人戰士們回到故鄉開始了各自的人生。但是，在2013年各國發生了連環爆炸恐怖事件，於是吉爾莫亞博士再次召集了眾人。在那個時候，009島村喬的記憶已經被東京的高中生活重置了。...

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在一直重視學習的阿部野第6中學，學生會選舉前夕，卻有學生惡作劇擾亂紀律的情況。 在高見澤滿擔任會長之後，她壓倒性的力量占據了學生會的主導地位，反對者都會被一種“不可思議的力量”壓制住。然後，她建立了以維持紀律為名的巡邏委員會，並實際支配了學校。 對高見澤強迫式的力量不滿的主人公關耕兒，和同班同學楠本和美向學生會發起了挑戰。高見澤“超能力”的真相，奇妙的學堂“英光塾”，以及擁有“壓倒性的力量”的謎之少年京極，一一浮出水面……...

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